Cytoscape 是一款专攻网络科学的软件平台，主要用于将复杂的关系数据可视化和分析成网络图。在生物医学领域，它最著名的应用是可视化分子相互作用网络（如蛋白质-蛋白质相互作用网络、基因调控网络），但其应用范围远不止于此。
核心特点
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跨平台：完美支持 macOS、Windows 和 Linux。
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以网络为核心：一切功能都围绕“节点”和“边”这两个基本元素展开。节点可以代表基因、蛋白质、药物、病人等，边代表它们之间的相互作用、关联或关系。
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高度可扩展：通过 App/插件 系统，用户可以安装各种功能的插件，无限扩展 Cytoscape 的核心功能。这是它最强大的特性之一。
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面向数据：可以直接从表格文件（如 Excel、CSV）或在线数据库导入网络数据和属性，并能将网络分析结果导出为数据。
主要功能和用途
1. 网络可视化
这是 Cytoscape 最基本也是最出色的功能。
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自动布局：提供多种布局算法，能自动将杂乱的网络数据整理成清晰可读的图形，如力导向布局、环形布局、层次布局等。
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自定义样式：可以根据节点的数据属性（如基因表达水平、蛋白质类型）来动态设置节点的颜色、大小、形状；根据边的属性（如相互作用类型、置信度）来设置边的颜色、粗细、线型。这使得数据能够通过视觉属性直观地呈现出来。
2. 网络分析
Cytoscape 提供了一系列强大的网络拓扑结构分析工具。
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拓扑参数计算：计算节点度、最短路径、聚类系数、网络直径等关键指标。
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寻找关键节点：识别网络中的核心节点，例如通过度中心性、介数中心性等方法来发现网络中的“枢纽”基因或蛋白质。
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模块/聚类发现：识别网络中高度互联的子模块，这通常对应于一个功能单元或通路。
3. 数据整合与功能富集
这是其在生物信息学中的核心应用。
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整合异构数据：可以将基因表达数据、突变数据、临床信息等作为属性映射到网络中的节点上。
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功能富集分析：通过与 App 结合，可以对网络中的基因集合进行 GO、KEGG 通路等富集分析，从而推断其潜在的生物学功能。
4. 通过 App 商店扩展功能
Cytoscape 的 App Store 拥有数百个插件，极大地扩展了其能力，例如：
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ClueGO： 进行可视化的功能富集分析。
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cytoHubba： 寻找网络中的关键节点。
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MCODE： 在蛋白质相互作用网络中寻找蛋白质复合物。
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BiNGO： 进行 GO 富集分析。
