ImageJ 是一款功能极其强大的图像处理和分析软件。它的核心设计理念是“基于像素的图像分析”。而 Fiji 是 Fiji Is Just ImageJ 的缩写，它是一个“电池包含”的发行版，预装了大量用于生命科学研究的插件和脚本，使其开箱即用。
对于大多数科研用户，直接从 Fiji 开始是更好的选择。
核心特点
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模块化与可扩展性：核心的 ImageJ 很小，但其功能可以通过插件、宏和脚本进行无限扩展。拥有一个巨大的、由全球科研社区贡献的插件库。
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处理任何图像类型：支持几乎所有科学图像格式，并能处理 8-bit、16-bit、32-bit 浮点、RGB 彩色乃至 5D 数据（宽度、高度、颜色通道、Z-栈-时间序列）。
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社区驱动：拥有极其活跃和庞大的用户社区，任何问题几乎都能在论坛上找到答案。
主要功能和用途
ImageJ/Fiji 的功能几乎没有边界，以下是一些核心应用：
1. 基础图像处理与测量
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基本测量：长度、角度、面积、周长。
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强度测量：测量点、线、区域（ROI）的灰度值/荧光强度。
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细胞计数与大小统计：通过阈值分割和“分析粒子”功能，自动识别和测量图像中的多个物体。
2. 高级图像处理
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滤镜：降噪、锐化、边缘检测等。
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数学运算：图像之间的加、减、乘、除。
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Z-Projection：对 Z-栈序列进行最大强度投影、平均强度投影等，生成一张清晰的二维图片。
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图像配准：对齐一系列图像。
3. 生物医学研究核心功能 (Fiji 尤其强大)
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共定位分析：分析两个不同荧光通道的信号在空间上的重叠程度。
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荧光寿命成像（FLIM）和荧光共振能量转移（FRET）分析：有专门的插件支持。
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颗粒追踪：追踪细胞器、分子等颗粒在时间序列中的运动轨迹。
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形态学操作：如侵蚀、膨胀、开运算、闭运算，用于优化分割结果。
4. 强大的批处理能力
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宏录制功能：可以录制你的操作步骤，并自动生成一个宏脚本，用于批量处理成百上千张图片，保证处理流程的一致性和高效性。
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Headless模式：可以在没有图形界面的情况下通过命令行运行脚本，非常适合在服务器上进行大规模自动化处理。
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